Un grand mystère entoure Padre Pio et comme si cela ne suffisait pas, le doute s'installe.
Le saint office intervient pour la première fois le 2 juin 1922 et entre 1924 et 1928.
Le 23 mai 1931, Padre Pio est suspendu de son ministère sacerdotal, à l'exception de la messe,
qu'il ne peut célébrer que dans la chapelle intérieure du couvent, accompagné d'un seul servant.
A ce moment précis la vie de Padre Pio bascule vers l'isolement.

la reprise

Deux longues années se sont écoulées et le 14 juillet 1933 le saint office rend à Padre Pio la faculté
de célébrer à nouveau en public et d'entendre les confessions.
Tout s'accélère, le rythme n'est plus le même pour Padre Pio, il dit la messe de bonne heure,
celle-ci pouvant durée jusqu'à une heure et demi, après quoi il priait longuement et
confessait jusqu'à midi, pour reprendre l'aprés midi les confessions et terminer par
la méditation et les études.
Le 9 janvier 1940, en présence des docteurs Carlo Kiswarday et Mario Sanvico, Padre
Pio élabore l'idée de la construction de la "Maison du soulagement de la souffrance".
Les travaux commencent le 19 mai 1947. l'inauguration solennelle a eu lieu le 5 mai 1956,
en présence du cardinal Giacomo Lercaro. Padre Pio a voulu cette maison comme celle
de tous et toutes, sans distinction de classe, riches et pauvres sont traités avec les mêmes
égards.